COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 13.907875
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 13.912388
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 13.919520
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 13.862565
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.799573
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.810265
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 13.869434

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 10.325507 13.006937 11.551026
2021-02-19 17:00:00 20.000000 12.589195 11.367175
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 11.367373
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 11.147333
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 10.872658
2021-02-15 17:00:00 3.670041 12.708631 10.502875
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 10.356990

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 13.337680
2021-02-19 17:00:00 13.478692 13.980263 13.599270
2021-02-18 17:00:00 13.619632 13.619632 13.995658
2021-02-17 17:00:00 11.409396 11.409396 14.422497
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 14.811343
2021-02-15 17:00:00 12.946429 15.942029 15.110315
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 15.408603

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.537502
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 8.244970
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 8.117248
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 8.081779
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 8.002471
2021-02-15 17:00:00 9.384164 9.384164 7.850796
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 7.627780

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 12.704022
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 12.807584
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 12.885008
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 12.897583
2021-02-16 17:00:00 17.466913 13.050353 13.033635
2021-02-15 17:00:00 14.721122 13.124284 13.321623
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 13.708902

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 25.808708
2021-02-19 17:00:00 36.260454 36.260454 25.934820
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 25.848272
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 25.743925
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 25.698066
2021-02-15 17:00:00 42.279635 27.120296 25.689806
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 25.863511

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 11.790928
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 11.910027
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 12.180984
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.263675
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 12.327700
2021-02-15 17:00:00 9.638554 11.934156 12.476316
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 12.670828

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.406956
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.446224
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.518809
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.546845
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.508348
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.409376 5.474648
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.501828

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 11.554369
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 11.569934
2021-02-18 17:00:00 10.943644 12.888289 11.600191
2021-02-17 17:00:00 10.058594 11.972104 11.714192
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.719047
2021-02-15 17:00:00 13.739377 11.641444 11.814167
2021-02-14 17:00:00 15.792507 10.772557 12.211378

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.691944
2021-02-19 17:00:00 23.476013 37.110115 23.393028
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 23.024900
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 22.711620
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 22.505951
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 22.224426
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 21.861087

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 12.570325
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 12.534944
2021-02-18 17:00:00 10.652783 15.426997 12.567541
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 12.457280
2021-02-16 17:00:00 9.248748 9.248748 12.200702
2021-02-15 17:00:00 21.297837 3.749268 12.118583
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 12.111368

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 10.807033
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 10.743242
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 10.713948
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 10.519366
2021-02-16 17:00:00 2.405498 10.672359 10.329825
2021-02-15 17:00:00 12.023460 12.023460 10.306635
2021-02-14 17:00:00 8.811959 8.811959 10.313898

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 72.966113
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 73.660560
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 74.897576
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 77.241433
2021-02-16 17:00:00 155.371901 88.056206 79.379101
2021-02-15 17:00:00 52.475248 33.438486 81.058959
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 81.665298

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 81.015272
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 81.154513
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 80.160519
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 80.441441
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 79.417027
2021-02-15 17:00:00 16.560510 158.598726 77.493024
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 76.233507

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 13.620495
2021-02-19 17:00:00 17.231378 17.231378 13.659462
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 13.453404
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 13.226044
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 12.979566
2021-02-15 17:00:00 15.363031 7.695011 12.692917
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 12.681622

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 21.134855
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 21.388616
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 22.147734
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 22.448117
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 22.366771
2021-02-15 17:00:00 17.903477 22.370105 22.893327
2021-02-14 17:00:00 56.264412 18.868411 23.573679

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 4.122494
2021-02-19 17:00:00 2.328042 2.328042 4.130628
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.158043
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.304649
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.305030
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.352729
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.559289

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 9.349733
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.828398 9.315124
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.526862
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.728007
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 9.990300
2021-02-15 17:00:00 8.266932 8.901968 10.175501
2021-02-14 17:00:00 13.030468 8.823800 10.419246

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 7.543284
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 7.488379
2021-02-18 17:00:00 8.396276 8.396276 7.416659
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 7.351514
2021-02-16 17:00:00 5.905826 5.905826 7.270508
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.477924 7.317623
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 7.385783

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 29.988697
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 29.961789
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 29.271184
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 28.743698
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 28.352196
2021-02-15 17:00:00 64.497041 30.008673 27.376705
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 27.014093

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 8.010360
2021-02-19 17:00:00 4.597701 8.163265 8.172639
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 8.332397
2021-02-17 17:00:00 14.736842 14.736842 8.359891
2021-02-16 17:00:00 3.225806 4.210526 8.703486
2021-02-15 17:00:00 37.500000 9.473684 9.061379
2021-02-14 17:00:00 4.629630 4.629630 9.284137

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-20 17:00:00 36.837430 19.173823 21.764873
2021-02-19 17:00:00 inf 24.829932 22.238227
2021-02-18 17:00:00 30.647059 19.794118 22.485945
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 22.894857
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 23.262152
2021-02-15 17:00:00 17.007763 25.461936 23.247258
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 23.398330

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.325507 13.006937 11.551026
Basilicata 11.578947 11.578947 13.337680
Calabria 11.145194 11.145194 8.537502
Campania 11.825682 11.825682 12.704022
Emilia-Romagna 26.523077 26.523077 25.808708
Friuli Venezia Giulia 11.172036 11.172036 11.790928
Lazio 5.176484 5.176484 5.406956
Liguria 13.986827 13.986827 11.554369
Lombardia 21.644680 21.644680 23.691944
Marche 14.463247 14.463247 12.570325
Molise 8.976834 8.976834 10.807033
P.A. Bolzano 72.272727 72.272727 72.966113
P.A. Trento 76.847291 76.847291 81.015272
Piemonte 13.439916 13.439916 13.620495
Puglia 23.494289 23.494289 21.134855
Sardegna 3.935310 3.935310 4.122494
Sicilia 10.315560 10.315560 9.349733
Toscana 8.324598 8.324598 7.543284
Umbria 38.453390 38.453390 29.988697
Valle d'Aosta 3.361345 3.361345 8.010360
Veneto 36.837430 19.173823 21.764873

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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